~天後 vs ~天內

首先是如果你真的是要將意思細節表達清楚且不會有模糊性的話，那麼就仔細的把你所有要表達的意思都交代清楚。比如今天是星期一，那麼清楚的講「星期四(當天)來」絕對比用「~天後」或是「~天內」更清楚。換句話說，不要只想靠單一一個介詞來表達你要的(全部)意思，因為介詞本身只是輔助性的用字，它本來就不是用於表達主要意思，特別是那個 "in"，因為意思/用法很多，所以在沒有 context 的情況下無法確定到底是怎樣的一個意思。比如你的第一個問題:

1.他三天後（才）來。意指：你至少要等三天。

如果你注意看的話，當你寫上「意指：你至少要等三天」時，你的中文說明其實還有「... 至多要等 X 天，這個X天數無法肯定是多少」，那麼你到底要表達什麼? 我們中文的三天後可以有兩種涵意:

a. 就是三天之後。比如今天是星期一，那麼三天之後就是星期四。不會是星期五，六，日....(依照我的中文語感/經驗，我較常碰到的是用於表達這意思的情況，這也是我第1個想到的意思)
b. 是三天以後/至少要三天，至多...天。比如今天是星期一，那麼幸運/最快的話是星期四，但是星期五也有可能，星期六的話也有可能是這天，但是星期日其實也很有可能.... (你的"意指：你至少要等三天"是指這個)

最最重要的其實是即使是「他三天後（才）來」仍然無法很肯定的知道這要表達的到底是「三天之後」還是「三天以後」，至於「~天後 vs ~天內」就又更不可能知道。你缺的是完整的 context。

所以當你「真的」要表達的是「你至少要等三天」(你不想讓對方誤會真的只有三天，不會拖到第4,5,6,7.....天)，那麼就清楚的講「你至少要等三天」。

英文的話可以參考:
http://www.ldoceonline.com/dictionary/in_1
-> 注意看 6 和 5。下方粉紅框(這是usage note)也很重要(那和你剩下的問題有些相關)

http://www.learnersdictionary.com/search/in
-> 注意看 4 b 和 4 a